La descrizione della chiesa di San Antonio del 1566 riflette ancora la costruzione semplice e bassa risalente al 1363, che era stata sede di uno dei vari consorzi bustesi.
I confratelli del SS.Sacramento, che si insediarono in essa nel 1572, in pochi anni la rivoluzionarono, facendola più grande e più alta, ben illuminata da finestre rettangolari e da un occhio in facciata, e la dotarono sul lato nord della sagrestia e della scala esterna per l'accesso alla balconata interna, addossata alla controfacciata e sorretta da due colonne.
La tela del pittore Pietro Gnocchi raffigurante la Madonna, San Antonio abate e un altro santo, sta sopra l'altare dai primi anni del Seicento, essendo subentrata alla deposizione che si conserva nella sacrestia.
Negli anni 1669-1672, si ampliò ulteriormente la chiesa mediante accostamento della facciata al campanile di Santa Maria; nel contempo si fecero la balconata e il soffitto, il quale assunse l'aspetto che conserva, con una volta a botte, unghiata in corrispondenza delle finestre.
Fu questa la prima delle varie chiese di Busto cui pose mano, per restauro, l'operoso prevosto Tettamanti:restauro che avvenne nel 1875.
Nel 1889, in occasione e a causa dell'isolamento del campanile di Santa Maria, la chiesa di Sant'Antonio perse, il caratteristico portichetto che la precedeva, documentato da una incisione e da una vecchia foto, e rinnovò la facciata su disegno dell'architetto Carlo Masciachini. Costui la divise con lesene, ponendo un timpano sopra il portale nell'ordine inferiore, un occhio sul frontone.
Nel 1939 la facciata venne alleggerita del rivestimento decorativo che le era stato aggiunto nel 1889 e venne ridotta a nudo intonaco. Sono del 1975 l'eliminazione della balconata interna e l'inserimento della statua del santo titolare sopra la porta nella facciata.
La chiesa, oggi utilizzata spesso per mostre d'arte, propone, di suo, al visitatore varie tele di discreta fattura, in gran parte sei-settecentesche, ed un organetto acquistato nel 1727 e rimesso in funzione pochi anni fa.